Carence à l'occasion, chez les végétaliens (qui ne consomment ni viande, ni poisson, ni oeufs, ni produits laitiers), une carence en vitamine D suite d'un apport alimentaire insuffisant est rare. Cependant, certains troubles d'absorption intestinale, de même qu'une maladie comme la mucoviscidose (fibrose kystique) ou la maladie coeliaque peuvent entraîner un déficit en calciférol.
Une trop faible exposition au soleil peut également être en cause. C'est souvent le cas l'hiver, sous certaines latitudes, ou pour les personnes qui ne s'exposent pas régulièrement au soleil (grands malades, invalides, personnes âgées, etc.).

Chez les enfants, la carence entraîne le rachitisme qui est caractérisé par des retards du développement moteur et de la croissance, le défaut des fontanelles à se refermer et à se souder, une mauvaise constitution osseuse et des troubles du sommeil.
Cette maladie correspond à l'ostéomalacie chez l'adulte et elle se manifeste alors par une déminéralisation osseuse, de la diarrhée, de la nervosité et des sensations de brûlure dans la bouche et la gorge.